Начиная с 2000 года, ВЭШ принимает участие в эксперименте по реализации программ МВА на основе новых государственных требований. Теперь продолжительность обучения составляет 2 учебных года, а выпускники программ получают государственный диплом МВА о дополнительном (к высшему) образовании.

В ноябре 2009 года по итогам конкурсов по качеству «Сделано в Санкт-Петербурге» комплекс программ профессиональной переподготовки ВЭШ СПбГУЭФ получил золотой знак «Сделано в Санкт-Петербурге»

Подготовка специалистов уровня Master of Business Administration ведется по трём специализациям:

Международная российско-французская программа МВА (специализация "Управление предприятием") впервые была предложена на рынок образовательных услуг Высшей экономической школой в 1993 году. Программа разработана и реализуется совместно с Высшей Международной Коммерческой Школой ESIDEC (г. Мец, Франция). Целевая аудитория - высший управленческий персонал компаний.
Выпускники программы получают государственный диплом МВА и совместный сертификат MBA Высшей Международной Коммерческой Школы и СПбГУЭФ.

Международная российско-германская программа МВА (специализация "Маркетинг") разработана и реализуется совместно с Университетом прикладных наук земли Анхальт (г. Бернбург, Германия). Целевая аудитория - высший и средний управленческий персонал компаний, ориентированный на маркетинговую деятельность.
Выпускники программы получают государственный диплом МВА и диплом МВА Университета прикладных наук земли Анхальт.

Международная российско-швейцарская программа МВА (специализация "Управление человеческими ресурсами") разработана и реализуется совместно с совместно со Школой бизнеса Университета прикладных наук Северо-Западной Швейцарии города Ольтен (Институт управления персоналом). Цель программы - организация обучения, позволяющая слушателям приобрести комплекс знаний и навыков, необходимых для эффективного управления компанией и ее персоналом. Выпускники программы получают государственный диплом МВА о дополнительном (к высшему образовании) с присвоением дополнительной квалификации и диплом МВА европейского образца Школы бизнеса Университета прикладных наук Северо-Западной Швейцарии (г. Ольтен).

Международная программа ЕМВА "Стратегическое проектное управление" - первая в России программа уровня Executive Master of Business Administration, имеющая международную аккредитацию Global accreditation Committee for Project management, впервые предлагается на рынок образовательных услуг Высшей экономической школой в 2010 году.
Партнёр программы - Project Management Institute.
Выпускники программы получают государственный диплом МВА о дополнительном (к высшему) образовании и диплом Executive Master of Business Administration with concentrate in Project management Project management institute.